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Un déséquilibre de la composition bactérienne du microbiote intestinal peut mener au développement d'une inflammation au niveau de l'intestin, connue aussi sous le nom « d’inflammation à bas bruit ». Les bactéries Akkermansia muciniphila et Faecalibacterium prausnitzii jouent un rôle important dans le fonctionnement normal de la barrière intestinale.
Akkermansia muciniphila est responsable de la production du mucus et cette couche est essentielle au bon fonctionnement de la muqueuse intestinale, de sorte que les germes étrangers, ainsi que les substances nocives, ne puissent pas franchir la barrière intestinale et atteindre la circulation sanguine.
Quant à Faecalibacterium prausnitzii, c'est une bactérie capable de produire des acides gras, notamment l'acide butyrique ou butyrate. Cette substance alimente la muqueuse intestinale en énergie, permettant de renforcer « les jonctions serrées », ce sont des protéines qui relient les cellules de la paroi intestinale. Ces jonctions serrées sont essentielles car elles assurent la sélection des nutriments importants, les séparant également des substances nocives.
Akkermansia muciniphila et Faecalibacterium prausnitzii sont des bactéries anaérobies, c'est-à-dire que ces micro-organismes ne peuvent pas vivre au contact de l'oxygène. C'est pourquoi ces bactéries utiles ne peuvent pas être facilement ingérées. La consommation ciblée de certaines fibres alimentaires permet toutefois de créer un environnement propice dans l'intestin à la vie et à la multiplication de ces bactéries intestinales.